Деятельность Минсельхозарегулируется положением «О Министерстве сельского хозяйства» от 24 марта 2006 г. Министерство сельского хозяйства РФ (Минсельхоз России) является федеральным органом исполнительной власти.
Министерство сельского хозяйства РФ осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору и Федерального агентства по рыболовству.
Министерство сельского хозяйства РФ руководствуется в своей деятельности Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, международными договорами РФ, а Положением «О Министерстве сельского хозяйства» осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.
Министерство сельского хозяйства обладает огромным комплексом полномочий, которые указываются в ст. 5 Положения «О Минсельхозе РФ».
Министерство сельского хозяйства РФ возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правительства РФ.
Министр несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство сельского хозяйства РФ полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности. Министр имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством РФ. Количество заместителей Министра устанавливается Правительством РФ. Структурными подразделениями Министерства сельского хозяйства РФ являются департаменты по основным направлениям деятельности Министерства. В состав департаментов включаются отделы.
Финансирование расходов на содержание Министерства сельского хозяйства РФ осуществляется за счет средств, предусмотренных в федеральном бюджете.
Министерство сельского хозяйства РФ является юридическим лицом, имеет печать с изображением Государственного герба РФ и со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца и счета, открываемые в соответствии с законодательством РФ.
Местом нахождения Министерства сельского хозяйства РФ является г. Москва (Постановление Правительства РФ от 24 марта 2006 г. «Об утверждении положения о Министерстве сельского хозяйства Российской Федерации и о признании утратившими силу некоторых решений Правительства Российской Федерации.